생각 남기기

​​​LSM으로 찍어본 Thalamocortical projection 3D 이미지 캬ㅏㅏㅏㅏㅏㅏㅏㅏㅏ 😎 (근데 현재 연구와 전혀 관련없음 ㅋㅋ)​3 채널짜린데 3D 상에서 먼저 merge하는건 어케 하는지 모르겠다.​​​​​이건 그냥 CST tracing한거 confocal 이미지.이쁘게 나왔다 이거에요 (근데 현재 연구와 전혀 관련 없음 ㅋㅋ)​​​​​이거 ㄹㅇ 써보고 싶은데 딱히 걸어볼 게 없어서 굉장히 아쉽다죠.​​​​​ELISA 절망편.​​​​ELISA 희망편.​​​​​그나저나,몬헌 와일즈 업데이트되었다던데...카잔도 이왕 구매한 거 유기하지 말고 해야 하고, 몬헌도 다시 좀 해봐야 할 것 같은데아...언제 하지 🙀😲

이걸 어디까지 사용해야 할까 라는 요즘 🤔AI 와는 연이 없을 줄 알았던 나도 어찌저찌하다가PDB에 아직 업로드가 안 된 단백질을 가지고 mutation을 해서 이것저것 실험해보는 사이드 프로젝트에 살짝 발을 담그게 되어서 근 반년 넘게 이것저것 해보는데...​Flow 자체는 매우매우 간단하다.​갓알파폴드 덕분에그냥​알파폴드에서 모델 생성한다. (요즘은 docking까지 해줌)프로그램으로 binding site를 쫙 뽑는다유력 site의 AA를 바꿔준다다시 binding simulation을 돌려본다[반복]​사실 프로그램이랑 서버만 있으면 이 모든 게 '딸깍'의 반복이라서 내가 뭔가 빠진 게 있나 의구심이 매번 들지만 딱히 어디 물어볼 때도 없고...​PI의 여러 콜라보 랩들 중에 structure b..

이번 주 날씨가 레전드로 추웠다 🥶❄체감 온도 -20 celcius 쯤 흑흑쓰​​​​일어나서 운전하려니까 차 꽝꽝 얼어져 있어서 아주 그냥 냉장고임 ㅋㅋㅋ주차장 가보면 눈이랑 얼음 덮여있는 차랑 외관이 깨끗한 차 이렇게 나뉘는데garage 유무 ㅋㅋㅋㅋㅋ ​지난 주말에 눈도 엄청 많이 와서 최근에는 최소한의 운동으로 걸어 다니는 것도 안 하는 중 😎 근데 춥기는 하지만 눈 오는 와중에 깊게 들이마시는 공기가 너무 청량해서 그건 좋음. ​​​​  ​​사실 논문 리뷰어같은 요청이야 누구나 어딘가에 논문을 냈으면 scam 저널 포함해서 스팸 메일같이 자주 날라오기는 하는데가~끔 저널다운 저널에서 peer review 리뷰어 요청이 오기도 한다. ​리뷰어 활동해 봤자 빅저널 리뷰어 정도가 아닌 이상 순전히 ..

​​​아직 완성된 이미지까지는 못 찍었기는 한데최근 light sheet microscopy를 사용하려고 준비를 계속 하고 있는 중.(하지만 이 자체도 pilot 실험에 지나지 않는다는 점이 😇🙀)​​Tissue clearing 방법에는 여러 가지 방법들이 있지만,일단은 나도 기계를 옆공간에서 빌려 쓰고 있기에 가지고 있는 설비에 따라서 Lifecanvas社의 프로토콜에 따라서 사용하고 있다.  ​시간이 좀 걸린다 뿐이지맞춤 pre-made 시약들을 쭉 써주고 이 회사 기계들로 전부 처리를 해주면 준비는 완료.'딸깍'​ ​​​​​​ ​​특이한 점이라고 해야 하나,보통 이전에 살짝 준비했을 때에는 그냥 일반적인 실험실 비품으로 clearing이랑 labeling을 했는데 이 회사에서 개발한 smartb..

최근 bioRxiv에 올라온 ​[Spontaneously regenerative corticospinal neurons in mice] ​이라는 개쩌는 어그로를 보여주는 논문을 읽게 되었다. (좋은 의미의 어그로)​​저자들을 보니 Rockefeller랑 Allen에서 코웍한거 같은데안의 데이터들은 여러 의미에서 많이 참고가 되는 것 같다 (지금 내 플젝과는 무관하지만)​​논문적인 내용을 떠나서 다시 한번 놀란 점은 이전에 나도 TRAP-seq을 사용했었지만 (해라고 해서 한거긴 하지만 ㅋㅋㅋ),이 페이퍼에 나온 TRAP-seq 데이터도 total input과 비교해 보았을 때완전히 다르다 라고 말할 수 있을 정도로 그 차이가 큰 것을 보여주고 있다. ​​​​​대충 논문의 내용은 cortex pyrami..

https://svi.nl/Huygens-Software Huygens Software | Scientific Volume ImagingScientific Volume Imaging to provides reliable, high quality, easy to use image processing tools for scientists working in light microscopy. Together with a dedicated team in close contact with the international scientific microscopic community, we continusvi.nl  ​Huygens software를 시험 삼아 써봤다. 네델란드 사람이 직접 와서 설명해 줬는데 '호이겐스..

내가 하는 프로젝트랑 큰 상관은 없어서 재미 삼아서 올려보는 ㅋㅋ  Neurexin과 그 카운터 파트 중 하나인 Neuroligin이라는 시냅스 adhesion molecule이 있는데내가 알기로는 사람이나 mammals에서는 neurexin은 1, 2, 3 이렇게 있고 다시 종류도 alpha, beta, gamma 로 나누어지는 그런 molecule이다. 단, alternative splicing에 의해서 isoform variant가 셀 수 없을 정도로 많이 나오게 돼서사실 antibody를 사용한 모든 visualization이라던가 등이 현재는 좀 어렵다. 이에 대한 카운터 파트도 굉장히 많은데, 그 중 메이저인 neuroligin 같은 경우에도3 갠가 4 개의 isoform이 있다. Nlgn-1..

https://alleninstitute.org/news/allen-institute-for-brain-science-completes-brain-atlas/ Allen Institute for Brain Science completes brain atlasThe Allen Brain Atlas is a Webbased, three-dimensional map of gene expression in the mouse brain.alleninstitute.org    가끔 PPT나 뭐다뭐다 를 위해서 figure를 만들어야 할 때가 있다. BioRender 같은 사이트를 사용해도 좋지만 뇌 단면이나 해부학적 구조를 좀 상세히 또는 커스텀해서 만들어 주려면 Altas를 이용하는 게 약간 보기에 좋다.   A..

최근 (?) 새로 나온 alphafold3 (아직 베타 버전인듯)가 나왔다는 소식을 듣고하고 있던 일 중에 하나를 넣어서 해봤는데 매우매우 빠름!!!!!!!   에?? 🙄    속도도 엄청 빠르고 그냥 클릭 하나에 넣어준 각 구조의 모델링과 그 모델링 사이의 interaction/binding 까지 자동적으로 도출해 준다.이거 완전 럭키비키자나🍀 진짜 유저 프렌들리한 인터페이스로 되어있다.   이전에는 그냥 구조 모델링으로만 alphafold2를 쓰고 docking이나 interaction은 다른 곳에서 했었는데 (아님 프로그램 자체적으로)넘 편한듯??? 혹시나 해서 이전 결과물이랑 비교해 봤는데 결과도 얼추 일치하는 것 같다.   근데 속도가 좀 믿을 수 없을 정도인데.... 왤케 빠르지 ?????..

오래된 사진들이기도 하고, 기억 재생의 의미로 적어보는 개인적 경험에 바탕한 in vivo surgical 실험 시의 잡다한 세팅.    대충 위의 사진과 같은 세팅이 standard survival procedure 세팅일 것이다.(무조건 받아야 되는 teaching 코스에서 해주는 세팅 사진) 간단하게, 동물 실험에서 어떤 이유든 간에 수술 같은 거를 하는 것을 survival procedure 혹은 survival surgery 라고 하는 것 같다. 하지만, 매번 저렇게 하다간 예산이 바로 없어져 버릴 것이기 때문에 많이 간소화식으로 하게 된다.  하지만, 대부분의 경우에 꼭 필요한 것이' Eye lubricant' 소독 용액' 털 깎는 용의 clipper' Tool 소독용의 germinator등등..